Como escolher um instrumento quantitativo de PCR fluorescente

1. O fluxo de detecção do instrumento

A primeira coisa a considerar é quantas vezes o laboratório precisa usar um instrumento quantitativo de PCR. David Ginzinger, chefe do equipamento de análise de genoma da Universidade da Califórnia, San Francisco Cancer Center, testou a maioria das máquinas quantitativas de PCR no mercado. Ele disse que, se não for usado em larga escala, por exemplo, é usado principalmente para testar genes conhecidos, então não precisa de produtos caros e sofisticados. Mas para os laboratórios que precisam encontrar novos alvos de medicamentos e marcadores de doenças, eles precisam de instrumentos que possam conter placas de 384 poços e correr mais rápido. No entanto, apenas um instrumento de alto rendimento não é rápido o suficiente e você descobrirá que a preparação da amostra se torna um gargalo para a limitação da taxa. Portanto, os laboratórios de alto rendimento geralmente exigem mais instrumentos automatizados, desde que o botão seja pressionado, o instrumento processará automaticamente amostras, purificará ácidos nucleicos e preparará modelos de PCR.

2. A capacidade de amplificação múltipla

A amplificação múltipla está ficando mais quente. O equipamento de PCR quantitativo em tempo real não é imune. O instrumento de PCR quantitativo de ponta possui vários canais de detecção, para que o instrumento possa detectar o processo de amplificação de vários modelos no mesmo tanque de amostra. O novo LightCycler2.0 possui 6 canais de detecção, 3 a mais que o original. O SmartCyclerⅡ possui 4 canais de detecção. A Stratagene, famosa por seus produtos de biblioteca, também possui um instrumento quantitativo de PCR Mx3000P com menos da metade do preço da Roche e uma boa reputação, ou seja, 4 canais de detecção. No entanto, a amplificação múltipla não é adequada para todos porque complica o experimento.

3. Programas

Quando você estiver pronto para escolher um instrumento quantitativo de PCR, verifique o software anexado. É conveniente usar, você pode realizar a análise que precisa, existem vários formatos de saída. No entanto, é preciso prestar atenção se o software que é muito fácil de usar tem uma função relativamente simples e não pode executar cálculos complexos.O software anterior exige uma análise mais aprofundada.O novo software já pode lidar com tudo. Além das funções básicas, alguns softwares também podem ter mais funções, como design de primer e sonda, design de análise múltipla, correção de segundo plano, normalização de dados e assim por diante. Willian Demyan, chefe do departamento de aplicativos e serviços técnicos do Departamento de Ciências Aplicadas da Roche, enfatizou que a PCR quantitativa é um processo de amplificação geométrica.No início, há uma diferença de cópia e os resultados variam por ordem geométrica.

4. Flexibilidade

O equipamento de laboratório ocupado em larga escala é certamente invejável, e os laboratórios convencionais também podem ter opções maravilhosas. Os fornecedores atuais têm muitos especialistas técnicos, não apenas para entender suas necessidades atuais, mas também muito atenciosos para você considerar possíveis mudanças futuras na demanda, como o fornecimento de uma variedade de acessórios e módulos atualizáveis. O MyCycler da BioRad pode selecionar módulos e atualizar para quantificação em tempo real. O instrumento de PCR quantitativo da ABI possui uma variedade de tanques de amostras diferentes, que podem transformar tanques de 96 poços em tanques duplos de 384 poços para atender a alguns requisitos de alto rendimento. Para os laboratórios que acabaram de iniciar o qPCR em pequenas quantidades, o instrumento quantitativo de PCR SmartCycler II é uma boa escolha.Um módulo básico possui 16 tanques de amostras de controle de temperatura independentes e 16 experimentos diferentes completamente independentes podem ser realizados ao mesmo tempo ou antes e depois. "Acesso": quando o laboratório precisa de um experimento em larga escala, ele pode ser atualizado de maneira econômica, de 1 a 6 módulos básicos, que são 96 poços de amostra. Embora placas de 96 poços não possam ser usadas, quando um aluno inicia uma pequena quantidade de experimentos, outros também podem se conectar a qualquer momento para iniciar seus próprios experimentos independentes, e eles não interferem entre si, o que aumenta a flexibilidade. É uma escolha muito flexível para laboratórios que possuem apenas uma pequena quantidade de experimentos e um orçamento apertado.

5. Incerteza

Embora o software possa ser parcialmente corrigido, é melhor comprar um instrumento com menos erros sistemáticos sem exigir tantas correções de cálculo do que por cálculo. Cinzinger acredita que atenção especial deve ser dada às diferenças entre os poços de amostra do instrumento. Além das diferenças de temperatura conhecidas entre os orifícios da amostra, também existem pequenas diferenças na distância do caminho óptico entre o orifício da amostra e a sonda de detecção, a pequena diferença no comprimento da fibra responsável pelo envio e recebimento e transmissão de sinais, a pequena diferença na distância e ângulo entre a lente e o orifício da amostra e até O efeito da célula de amostra na transmissão do sinal. Cinzinger fez o mesmo teste na maioria dos instrumentos quantitativos de PCR disponíveis no mercado e amplifica as mesmas amostras e reagentes em tempo real em cada poço do instrumento. Infelizmente, muitas vezes, haverá resultados diferentes entre diferentes poços de amostra.

6. Seleção de kits

Embora a equipe de vendas se orgulhe de excelentes kits e soluções de controle de qualidade, obterá resultados individuais, mas a compra de kits prontos para uso não é uma solução para as diferenças. Experimentos de avaliação sérios e experimentos analíticos são as soluções.